Nacionalinėje moksleivių akademijoje moksleiviai rugsėjo – birželio mėnesiais mokosi internetiniu būdu, Pagal internetinio mokymosi Akademijoje rezultatus mokiniai kviečiami į NM Akademijos žiemos sesiją Palangoje, pavasario sesiją Vilniuje arba Kaune, o aktyviausiai NMA internetu besimokantys ir turintys aukščiausius pasiekimus mokiniai mokosi 2 savaičių NM Akademijos vasaros sesijoje birželį - liepą Nidoje.
Labai aukštus akademinius pasiekimus turinčių, aktyviai besimokančių internetu vaikų bei vaikų, turinčių fizinę negalią mokymasis Akademijoje visiškai finansuojamas (tai, priklausomai nuo sekcijos ir mokymo individualizavimo lygio, sudaro 4000-6000 litų vienam vaikui per metus) NMA rėmėjų, Akademijos laimėtų ŠMM projektų lėšomis bei savanorišku darbu. Motyvuoti, bet kol kas neturintys labai aukštų akademinių pasiekimų vaikai, iš dalies turi padengti savo dalyvavimo sesijose kaštus. Šių NMA mokinių dalyvavimą sesijose, priklausomai nuo jų mokymosi internetu rezulatatų, taip pat visiškai ar dalinai finansuoja NMA rėmėjai. Sprendimą dėl stipendijų dalyvavimui sesijose skyrimo priima dalykinių sekcijų vadovai, kuratoriai ir administracija.